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隨著大眾對健康問題關注度及認知度的提升，特別是近年被大眾所詬病的食品安全衛生問題，安全狀況令人堪憂。為更好的控制食品安全衛生問題，國家也相應的出臺了法律法規，來監督、約束、杜絕、懲處食品安全衛生法的違法行為，并對相關食品生產經營企業提出符合良好生產規范要求。
為了使食品生產全過程不受微污染對于易變質的危害，要對原料、水、設備等進行處理，生產車間的環境是否潔凈也是重要的一個條件，此外部分食品要求潔凈無菌的生產環境，諸如以下行業。
奶制品
酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。一些大型設施要求100,000級(ISO 8級和9級)以上。
灌裝(酒類、飲料等)
啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級(100級)和ISO 6級(1,000級)潔凈室。
傳統系統中隧道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。
在潔凈車間內生產的食品，由于其具有較高的潔凈度可以保證食品不被細菌附著，但不能消除食品本身帶來的細菌，因此還需要加熱、噴藥、照射等方式滅菌。很多食品潔凈室主要用于滅菌后的冷卻、切斷(片)、包裝等工序。
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