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很多實驗的進行都需要在一個無菌的環境中進行，超凈工作臺可以營造這樣一個一塵不染的環境。這是一個比較精密的儀器，所以在日常工作期間的無菌操作維護就顯得尤為重要。這樣不僅能有效的延長其，并且減少故障和維修成本，從而大大節省生產成本。
1、清除作業臺內的灰塵、雜物。
2、在使用超凈工作臺進行無菌操作前30min啟動過濾、通風裝置，檢測操作區氣流速度、潔凈度，并滅菌。
3、穿緊口作業服，戴緊口帽。
4、禁止在作業臺前做任何或許增加空氣灰塵量的動作。
5、有必要在作業臺內運用的物品要放在劣勢側。
6、在作業臺內運用的物品有必要是不易起纖塵的。
7、在全部無菌操作結束后，才能停止作業臺運轉。
8、定期進行功能檢測，如在超凈工作臺內操作區氣流速度、潔凈度等出現問題，應立即檢修。
9、作業區內禁止寄存不必要的物品，以保持潔凈氣流流型不變。
10、對新裝置的或長時間未運用的作業臺，運用前必需對作業臺和周圍環鏡先用超靜真空吸塵器或用不產生纖維的東西進行清潔作業，再采用藥物滅菌法或紫外線滅菌法進行滅菌處理。
11、操作區的運用溫度不可以超過60℃。
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